勤務医の節税ベスト6｜年収1000〜2000万で実際にいくら減るか、効果額で比較

節税の話は、調べるほど情報があふれる。

ただ、給与所得の勤務医に本当に効くものは、思ったより少ない。確定申告で自動的に入る基礎控除・給与所得控除・配偶者控除などは、何もしなくても反映される。ここで取り上げるのは、自分で手続きしないと適用されない6つの節税スキルである。実際に私も毎年手続きして少なからず恩恵を受けている。

効果額は年収1000万・1500万・2000万の3帯で実数を出す。そして、各施策の効かない条件・上限・盲点を記載する。

まず前提を確認する

効果額はすべて「独身または共働き（配偶者控除・扶養なし）、他の任意控除を併用しない」給与所得者の単独試算。

施策どうしは弱く干渉する。たとえばiDeCoや医療費控除で課税所得が下がると、ふるさと納税の上限もわずかに下がる。各効果額は「他の控除を受けていない」前提で出している。

限界税率（次に増える1円にかかる税率）は次のとおり。

• 年収1000万：所得税20%＋住民税10%＋復興特別所得税 ＝ 30.42%
• 年収1500万・2000万：所得税33%＋住民税10%＋復興特別所得税 ＝ 43.69%

1500万と2000万は同じ所得税率のブラケット（33%帯）に収まるため、節税額が一致する施策が多い。

① ふるさと納税｜実質2,000円の寄付で各種返礼品がもらえる

効果額

節税の仕組みはシンプルだ。寄附金のうち2,000円を超えた分が、所得税の還付と翌年の住民税の減額に充てられる。税が「減る」というより、自治体への寄附に振り替えて、そのぶんの返礼品（上限は寄附額の約30%）を受け取るというのが正確な理解。

年収2000万であれば、約57万円を寄附して実質負担は2,000円。返礼品の価値は最大で約17万円相当になる。私自身も毎年この枠はほぼ上限まで使っている。実質負担2,000円で返礼品が届くのだから、使わない理由がない。

注意点

2025年10月から、楽天・ふるさとチョイス等の仲介サイトが付与するポイント還元が禁止された。「ふるさと納税でポイントを二重取り」は使えなくなっている。

もう一点。返礼品を含む「一時所得」が年間50万円を超えると、超えた部分に課税される。年収2000万帯で複数の高額返礼品を受け取る場合は注意が必要。

確定申告が必要な勤務医（バイト収入がある場合）は、ワンストップ特例が使えない。確定申告時に寄附金控除として入力することになる。詳しくは確定申告の手順にまとめている。

② iDeCo（個人型確定拠出年金）｜税が安くなる分、実質負担を抑えて老後資金を積む

効果額（現行・月2.3万円＝年27.6万円拠出の場合）

手取りが増えるわけではない、という点を最初に書いておく。

iDeCoは拠出した分がそのまま手元から出ていく。ただ、その拠出額が全額「小規模企業共済等掛金控除」として所得控除になる。年収1500万の場合、27.6万円の拠出に対して12.1万円の税が安くなる。つまり実質負担は15.5万円（27.6万円－12.1万円）で、同額の老後資産を積んでいることになる。

税メリット分だけ「安く老後資金を作れる」という施策。

上限は勤務先の制度で変わる

この月2.3万円は、勤務先に企業年金がない場合の上限だ。勤務先に企業型DC（企業型確定拠出年金）やDB（確定給付企業年金）がある場合、iDeCoの上限は月2.0万円に下がり、さらに事業主が拠出している掛金との合算で月5.5万円の枠に収める必要がある。勤務先がマッチング拠出を採用していてそれを使っている場合は、iDeCoとの併用はできない。自分の上限は勤務先の制度で変わるため、確認が必要。

予告：2026年12月施行予定の上限拡大

現在の勤務医の上限は月2.3万円（企業年金のない場合）だが、2026年12月に制度改正が施行予定。企業年金なし第2号の上限が月6.2万円（年74.4万円）に一本化される見込み。

施行後の節税額の目安：年収1000万で約22.6万円、年収1500・2000万で約32.5万円。

ただし「施行予定」であり、金融機関各社も「実施時期は未確定」と注記している段階。本記事の試算は現行の27.6万円ベース。勤務先の企業年金の有無によっても上限が変わるため、自分の上限は確認が必要。

注意点

60歳まで原則引き出せない。30代前半や医師になって日が浅い場合、長期ロックアップのリスクと節税のメリットをセットで考える必要がある。運用リターンは保証されず、商品選びによって結果が変わる。私も拠出を続けているが、あくまで老後資金として、引き出せない前提で金額を決めている。

③ 医療費控除｜10万円の壁がある。大きく出た年だけ効く

勤務医の場合、日頃の医療費が年10万円を大きく超えることは多くない。これが実態。

控除の仕組みは「年間の医療費から10万円を引いた額が控除になる」。医療費が15万円の年であれば、控除額は5万円。節税額はそれに限界税率をかけた数字になる。

医療費15万円の年で計算すると：

• 年収1000万：約1.5万円
• 年収1500・2000万：約2.2万円

インプラント等の高額医療を受けた年に対象となることはあるだろうが、大きな持病のない人は通常は使えないことの方が多いだろう。

注意点

控除できる医療費の上限は200万円。家族分は合算できる。ただし、保険金・給付金で補填された部分は対象医療費から差し引く（受け取った保険金を限度として）。高額な手術でも、健保の高額療養費と保険給付後の実際の自己負担が意外に小さくなるケースがある。出産費用もこの一例で、経膣分娩でも帝王切開でも医療費控除の対象になる（健康保険が効くかどうかと、医療費控除の対象かどうかは別の話）。ただし出産育児一時金（原則50万円）を差し引くため、一般的な分娩費用では控除に残る部分は小さくなりやすい。

④ 住宅ローン控除｜税額がそのまま減る。ただし所得要件に落とし穴がある

効果額（2025年入居・新築・一般世帯の場合）

この施策が他と違うのは「所得控除」ではなく「税額控除」である点。課税所得を減らすのではなく、計算後の税額から直接引く。だから年収帯によらず効果額が一定になる。

盲点

住宅ローン控除には「合計所得金額が2,000万円以下であること」という所得要件がある。

給与収入だけの場合、年収の目安として約2,195万円超で合計所得が2,000万円を超え、住宅ローン控除そのものが対象外になる。年収2000万帯はギリギリ使えるラインだが、バイト収入が加わる勤務医の場合は要注意。合計所得が2,000万円を超えた年は、その年の控除が一切受けられなくなる。

注意点

所得税で引ききれない分は住民税で一部控除できる（課税総所得×5%、最高9.75万円）が、年収が高いほど所得税だけで引ききれることが多く、住民税への繰り越しはあまり関係しない。

「借入額×0.7%」という控除率は2022年以降の制度。古い解説にある「1%」は旧ルールなので注意。

⑤ 生命保険料控除｜地味だが、複数の保険があれば効く

効果額（3区分すべて満額払込の場合）

• 年収1000万：約3.1万円
• 年収1500・2000万：約4.7万円

生命保険料控除は「一般生命保険料」「介護医療保険料」「個人年金保険料」の3区分に分かれている。所得税は各区分で最大4万円の控除（合計最大12万円）、住民税は各区分で最大2.8万円の控除（合計最大7万円）。

節税額は所得控除なので、限界税率をかけた金額が効果になる。

年収1500万の例：所得税控除12万円×33%＋復興分＋住民税控除7万円×10%＝約4.7万円。

注意点

この効果を得るためには、3区分それぞれで年8万円以上の保険料を払っている必要がある（各区分の控除が満額になる条件）。そうでなければ効果額は比例して小さくなる。

すでに保険料を払っているなら確定申告（または年末調整）で漏れなく入力すること。

そもそも、この控除枠を埋めるために高額な保険料を払う必要があるのか、という点は冷静に考えたい。必要な保障は人によって違う。節税のために保険へ加入するのは順序が逆になりやすく、控除はあくまで、すでに必要で入っている保険の副産物と捉えるのが健全だと考えている。

⑥ 経費・特定支出控除｜制度はある。だが大半の勤務医には使えない

6施策の最後に置いたのは、正直なところ、大半の勤務医には使えないからだ。

給与所得者が職務上の支出を経費として認めてもらう制度を「特定支出控除」という。通勤費・転居費・研修費・書籍購入費・交際費などが対象になりうる。

ただし、控除が受けられるのは「実際に支出した特定支出の合計が、給与所得控除の半分（97.5万円）を超えた場合」に限られる。勤務医の給与所得控除は195万円（上限額）で固定されているため、年間97.5万円を超える特定支出が必要。

研修費・書籍代を積み上げても、この水準を超えることは通常まずない。高所得勤務医ほど給与所得控除の上限に達しているため、むしろ対象になりにくい構造になっている。

6施策まとめ表

動ける順番は、効果の大きい順で

やることが決まっているなら、効果の大きいものから動くのが合理的。

ふるさと納税は今日からでも使える。iDeCoは口座開設に時間がかかる（1〜2か月程度）ので早めに動いたほうがいい。住宅ローン控除は物件を購入済みであれば、初年度だけは確定申告が必要なことを忘れずに（2年目以降は年末調整で対応可能）。

確定申告の手順そのものは確定申告の手順記事を、バイト収入が加わるときの税の仕組みはバイト代の確定申告記事を参考にしてほしい。

節税の数字は、自分の年収と各施策の組み合わせで変わる。今の自分の手取りと、施策を入れたらどうなるかを確認したい場合は、手取りシミュレーターで一度試してみてほしい。

節税には上限がある。

ふるさと納税もiDeCoも、どれだけ積み上げても年収の数%が上限になる。根本の年収を動かす以上には、なかなか効かない。節税は「手取りを最大化する工夫」として使いながら、働き方そのものとも向き合う。それが最終的には近道だと思っている。

手取りの構造と年収帯ごとの実額は年収別 手取り早見にまとめているので、合わせて参照してほしい。

本記事は2026年6月時点の情報をもとにした一般的な情報提供を目的としたものです。税制は年度ごとに改正される場合があります。個別の税務判断については税理士等の専門家にご相談ください。

著者：勤務医 Dr.マコト